Damit die Daten zwischen Client und Owncloud Server auch verschlüsselt übertragen werden, muss im Webserver noch die Übertragung per SSL oder TLS aktivert werden. Hier müssen noch entsprechende Zertifikate bereitgestellt werden. Es gibt zwei Möglichkeiten, es können selbst erstellte oder Zertifikate eines Dienstleisters installiert werden.